Seit Herbst 1998 kommt der Vorsteher der Russischen Orthodoxen Kirche zu Leipzig, Vater. Alexei Tomiouk, regelmäßig nach Halle, um hier für orthodoxe Christen Gottesdienste abzuhalten. Nachdem bereits zu Anfang der 80er Jahre in der evangelischen Pauluskirche von dem russischen Klerus der Leipziger orthodoxen Kirche ein erster orthodoxer Gottesdienst im 20. Jahrhundert in Halle gehalten worden war, in welchem das hallische Oktett der Theologische Fakultät sang, wurde ab Samstag, dem 3. Oktober 1998, in der katholischen St. Moritz – Kirche in Halle regelmäßig orthodoxer Gottesdienst gefeiert.
Am 5. Juni 1999 fand die erste Versammlung der orthodoxen Gemeinde in Halle statt. Es wurden wichtige Entscheidungen getroffen. So wurde gemeinsam das Patrozinium der neuen orthodoxen Kirchengemeinde bestimmt: Die Gemeinde steht unter dem Schutz des Heiligen Kreuzes und heißt “Gemeinde des Heiligen Kreuzes”. Sie untersteht der Diözese der Orthodoxen Kirche Russlands in Deutschland. Der Vorsteher der deutschen Diözese ist S.E. Erzbischof Feofan (Galinski) von Berlin und Deutschland. Während der ersten Gemeindeversammlung am 5. Juni 1999 wurde auch der erste Gemeinderat gewählt.
Am 10. und 11. Februar 2000 fand die Weihe des nahezu fertig gestellten orthodoxen Hauskircheleins in den Franckeschen Stiftungen zu Halle in den Gewölben des Untergeschossen von Haus 24 statt. Der 11. Februar des gregorianischen Kalenders (neuer Stil) entspricht in dem auch heute benutzten russischen orthodoxen Kirchenkalender (alter Stil; julianisch) dem 29. Januar. Das ist der Vortag der Feier der drei Ökumenischen Lehrer und Bischöfe, des hl. Basilius des Großen (von Caesarea in Kappadozien, in dessen Tradition im Westen der hl. Benedikt stand), des hl. Gregor des Theologen (Gregor von Nazianz), und des großen Predigers, des hl. Johannes Chrysostomus (“Goldmund”). Patriarch von Konstantinopel. Die Weihe der kleinen orthodoxen Hauskirche am Vortage des Gedächtnisses dieser drei großen Theologen der gesamten Christenheit ist ein hoffnungsvolles Zeichen für die Ökumene und für das gemeinsame Studium von Orthodoxen, Evangelischen und Katholiken in dem wiederzubegründenden Collegium Orientale Theologicum, das Francke hier zu Anfang des 18. Jahrhunderts ins Leben gerufen hatte.
Die Weihe der kleinen, aber schönen Hauskirche nahm Erzbischof Feofan von Berlin zusammen mit Priestern und Diakonen der Diözese Deutschland vor, die zu diesem hohen Festtag zusammen mit orthodoxen Gemeindemitgliedern aus Berlin und Leipzig nach Halle gekommen waren. An der Freude der orthodoxen Gemeinde nahmen auch Vertreter der evangelischen und katholischen Kirche aus Halle und Magdeburg Anteil.
Erzbischof Feofan wandte sich an die evangelischen und katholischen Festgäste sowie die orthodoxen Gemeindemitglieder mit den Worten: «Die Schönheit der Hauskirche zeigt die Liebe zu unserem Herrn. Möge sie hier bestehen als die Kirche der Orthodoxen dieser Stadt und ihrer Umgebung: für Gottesdienste, zur Predigt des Evangeliums Christi und zur Bewahrung der besonderen geistigen Kultur der orthodoxen Kirche. Ich wünsche der hier ansässigen Gemeinde, dass ihre Hauskirche sie immer wieder ermutigt auf ihrem Lebensweg, sie in der Nächstenliebe und in der Liebe zu Gott unserem Herrn stärkt.»
Das Hallische Oktett der Theologischen Fakultät, das beim Weihegottesdienst mit dem russisch-orthodoxen Chor zusammenwirkte, gab anschließend im Freylinghausen – Saal der Franckschen Stiftungen ein Konzert mit liturgischen Gesängen der Orthodoxen Kirche, das einen tiefen Eindruck hinterließ.